En 1987, cuando tenía dieciocho años, Castañeda firmó con el club Atlas. Se quedó con Atlas hasta 1996. El 13 de marzo de 1997, Castañeda firmó con el Colorado Rapids de la Major League Soccer . Regresó a México y terminó su carrera con Cruz Azul , Cruz Azul Hidalgo , Tecos de la UAG , Tigrillos y Lobos de la BUAP. Castañeda logró dirigir al Atlas en forma interina tras salida de Rubén Omar Romano en septiembre de 2007.